Comment soumettre vos données

Un système de soumission pour la validation en ligne de vos données est en cours de développement. Entre temps, veuillez suivre la procédure décrite dans ce guide pour soumettre des données cliniques au CQDG.

Comment soumettre vos données cliniques

Avant de débuter la procédure de soumission de vos données, veuillez nous contacter à [email protected] pour nous faire part de vos besoins concernant l'entreposage et le partage de vos données. Veuillez prendre note que les données cliniques doivent être soumises en suivant le modèle de données décrit dans le dictionnaire de données. Nous vous recommandons de prendre connaissance de la dernière version du dictionnaire de données pour vous familiariser avec les formats et restrictions spécifiques pour chaque champ de donnée avant de débuter le processus de soumission.

Étape 1 : Télécharger un client SFTP

Vous pouvez utiliser un client graphique SFTP tel FileZilla ou simplement un outil en ligne de commande comme sftp dans un environnement unix. Contactez-nous pour obtenir les accès et les configurations nécessaires pour vous permettre de téléverser vos fichiers en toute sécurité. Si vous accédez à l'internet via le réseau d'un établissement de santé, il se peut que la connection soit bloquée et il faudra faire une démarche auprès des TIs de votre établissement pour débloquer l'accès.

Étape 2 : Inscription de vos échantillons

Accédez à votre compte à partir de la page principale du portail.
Cliquez Modèle de fichier dans le dictionnaire de données pour télécharger le dossier comportant l'ensemble des gabarits pour la soumission de vos données.
Ouvrez le fichier sample_registration en utilisant Excel (ou autre logiciel équivalent) et entrez les données en lien avec les échantillons que vous souhaitez enregistrer dans le CQDG.
Nommer votre fichier en débutant par registration et sauvegardez-le en format .tsv.

Étape 3 : Soumettre vos données cliniques

À partir du dossier Modèle de fichier, ouvrez les fichiers pour lesquels vous souhaitez soumettre des données en utilisant Excel (ou autre logiciel équivalent).
Copiez vos données dans les champs appropriés (indiqués à la première ligne dans le fichier). Assurez-vous que le format des données correspond au format décrit dans le dictionnaire de données. Il existe un gabarit pour chacune des tables du dictionnaire de données. Il n'est pas nécessaire de compléter tous ces gabarits pour que vos données soient considérées recevables.
Nommez vos fichiers en débutant par le nom de la table de données cliniques (ex. participant, biospecimen, etc.) et sauvegardez-les en format .tsv.
Téléversez vos fichiers (incluant votre fichier registration) en utilisant votre compte SFTP.

Contactez-nous si vous avez besoin d'assistance pour l'inscription de vos échantillons ou pour la soumission de vos données cliniques.

Comment soumettre vos données moléculaires

Veuillez noter que les outils pour la soumission des données moléculaires sont en développement. Contactez-nous pour planifier le transfer de vos données moléculaires vers le CQDG.

Traitement des données moléculaires soumises

Une fois que vos données moléculaires auront été soumises, elles seront analysées en utilisant des pipelines d'harmonisation uniformes.

Contrôle de la qualité et libération des données

Les données ne seront rendues publiques qu'une fois le processus de contrôle de la qualité terminé.

Veuillez noter qu'une période d'embargo peut être exigée, durant laquelle uniquement les chercheurs de l'étude peuvent avoir accès aux données. Après cette période d'embargo, les données peuvent être rendues accessibles aux chercheurs non rattachés à l'étude.